現在あるホームページの直下にWordpressを設置して、そのディレクトリにドメインをあてて運用したい場合、トップページはドメイン名で表示されるものの、下層ページが一切表示されない場合があります。
もちろん設定の一般設定からWordpressのアドレスはドメイン名に変更しているのに。。。です。

この場合、ブログがルートディレクトリを認識していないせいのようで・・・

例えば、現在http://exsample.comというサイトがあるとします。
その下に「wp」というディレクトリを置いてそのディレクトリに仮に○△×.com（自分のアドレス）のドメインをあてたい場合、次の手順で行います。

1.管理画面の設定→一般設定のWordpressのアドレス、サイトのアドレスを　http://○△×.com　にして保存します。
2.ルートディレクトリ（この場合はwordpressディレクトリと同階層）にwordpress直下からindex.phpと.htaccessをコピーします。（移動ではなくコピー）
注：.htaccessはパーマリンク設定をしていない場合は表示されません。

3.そのindex.phpをテキストエディタ（TeraPadなどBOMなしのもの）で開き、以下の場所を書き換えます。
require(‘./wp-blog-header.php’);
これを
require(‘./wp/wp-blog-header.php’);
4.書き換えたindex.phpを同じ場所（コピーした先）にアップロードします。
5.新しいURLからログイン（http://○△×.com/wp-admin.php)します。
6.パーマリンク設定をしている場合パーマリンクの更新をします。

7.http://○△×.comにアクセスしてみてください。下層ページも表示されているはず・・・・

?

これはサブドメインで設置中はわからなかったのですが、いざ、ドメインをあてた時に、
あれ？トップページしか表示されない？どうして？？と焦ったので検索したら、判明したので
参考に書いておきます。